test.php文件的代码如下：
<code> <!--情况1--> <script type="text/javascript"> //var a = "<?php echo $_GET['input'];?>"; </script> <!--情况2--> <script type="text/javascript"> //var a = "start_%0a_end"; </script> </code>
情况1：
变量a的值是可控的，由参数input决定，
所以，当从浏览器访问：http://127.0.0.1/test.php?input=start_%0a_end
的时候
查看网页源代码，结果如下：
<code>//省略…… <!--情况1--> <script type="text/javascript"> //var a = start_ _end; </script> <!--情况2--> <script type="text/javascript"> //var a = "start_%0a_end"; </script> //省略…… </code>
我们可以发现，情况1中，出现了换行，而情况2保持原样。
为什么会出现这种情况呢？
说下我对此问题的看法：
当客户端访问网址（http://127.0.0.1/test.php?input=start_%0a_end）的时候，由于是php文件，所以服务端会交个Apache服务器解析执行，并把结果返回给服务端，服务端再将结果通过http响应返回给客户端（浏览器），浏览器再将页面渲染出来，呈现给用户。
用户--->浏览器--->服务器--->apache
那么，
换行到底是：
1.出现在Apache的解析执行的阶段
2.还是浏览器将最终结果呈现给用户这一阶段
如果是出现在Apache的解析执行阶段，那么<?php echo "start_%0a_end";?>应该也会出现换行，但实际上并没有
而如果换行是出现在：浏览器的渲染阶段，那么
<code><br><br><script type="text/javascript"> var a = "start_%0a_end";//注意：此行没有注释 </script> </code>
应该也会出现换行才是，但实际上也没有
test.php文件的代码如下：
<code> <!--情况1--> <script type="text/javascript"> //var a = "<?php echo $_GET['input'];?>"; </script> <!--情况2--> <script type="text/javascript"> //var a = "start_%0a_end"; </script> </code>
情况1：
变量a的值是可控的，由参数input决定，
所以，当从浏览器访问：http://127.0.0.1/test.php?input=start_%0a_end
的时候
查看网页源代码，结果如下：
<code>//省略…… <!--情况1--> <script type="text/javascript"> //var a = start_ _end; </script> <!--情况2--> <script type="text/javascript"> //var a = "start_%0a_end"; </script> //省略…… </code>
我们可以发现，情况1中，出现了换行，而情况2保持原样。
为什么会出现这种情况呢？
说下我对此问题的看法：
当客户端访问网址（http://127.0.0.1/test.php?input=start_%0a_end）的时候，由于是php文件，所以服务端会交个Apache服务器解析执行，并把结果返回给服务端，服务端再将结果通过http响应返回给客户端（浏览器），浏览器再将页面渲染出来，呈现给用户。
用户--->浏览器--->服务器--->apache
那么，
换行到底是：
1.出现在Apache的解析执行的阶段
2.还是浏览器将最终结果呈现给用户这一阶段
如果是出现在Apache的解析执行阶段，那么<?php echo "start_%0a_end";?>应该也会出现换行，但实际上并没有
而如果换行是出现在：浏览器的渲染阶段，那么
<code><br><br><script type="text/javascript"> var a = "start_%0a_end";//注意：此行没有注释 </script> </code>
应该也会出现换行才是，但实际上也没有
接 @安坚实 的答案，query string由于地址栏显示、日志记录、或者转义等各方面的需要，必须将部分字符进行翻译（比如无法显示的字符、有特殊含义的控制字符等）
所以你在百度搜索一个
&符号的时候 访问到的链接 实际是http://www.baidu.com/s?wd=%26
因为这个字符与query string中的参数连接符冲突了，需要进行转义
这个过程就是一个编码的过程，这样的编码算法最常见的就是 URLEncode 和 Base64Encode
而此处使用的是 URLEncode，这个是在 RFC 3986 中定义的
服务端收到了这个请求时，先原样记录在日志中，然后将参数变成应用程序里的字符串 交给web应用处理
这个时候就需要进行一个解码过程，否则得到的数据就与预期不一致了
接上面那个例子，我想搜索的是 字符串
&而不是 字符串%26，因此需要解码变回&
再解释LZ的例子，浏览器中访问http://127.0.0.1/test.php?input=start_%0a_end时，
其实input这个参数的实际值 并不是 start_%0a_end 这个字符串，只是因为地址栏无法显示换行符，将换行符进行了转义， 他的实际值就是start_[换行]_end，页面输出时，将他还原成了[换行]
如果你想要指定 input参数的实际值为 start_%0a_end， 需要将% 做一次转义，变为 %25
尝试访问一下 http://127.0.0.1/test.php?input=start_%250a_end
解析过程其实是这样的：
用户 --> 浏览器 --> 服务器 --> apache --> PHP解释器
首先，start_%0a_end 被传递给PHP解释器时，%0a 并没有被转换成换行。
<code>var_dump($_SERVER['QUERY_STRING']); # string(19) "input=start_%0a_end" </code>
但是，当它被写入到 $_GET 全局数组里时，就变成换行了
<code>var_dump($_GET['input']); #string(11) "start_ #_end" </code>
因此，应该是PHP解释器在把 query string 的值写入 $_GET 里时，进行了某些处理
至于为什么进行这样的处理，以及如何解决... 这个超出我的知识范围了...
其实这里只涉及到一个知识点，URIEncode，
URI内的字符在传输时会进行转义，当处理程序收到数据时会进行反转义；%0a 的转义过程大致如下（JS，PHP的过程 @安坚实 已解释了部分）：
<code>// encode
encodeURIComponent('\n') // %0A
encodeURIComponent('\n').toLowerCase() === '%0a' // true
// decode
decodeURIComponent('%0a').charCodeAt(0) // 10
'\n'.charCodeAt(0) // 10
</code>关于 JS URI 编码部分可见：
http://www.ruanyifeng.com/blog/2010/02/url_encoding.html
