原文:http://blog.pluskid.org/?p=40 上一次我们了解了一个最基本的 clustering 办法 k-means ,这次要说的 k-medoids 算法,其实从名字上就可以看出来,和 k-means 肯定是非常相的。事实也确实如此,k-medoids 可以算是 k-means 的一个变种。 k-medoids 和
原文:http://blog.pluskid.org/?p=40
上一次我们了解了一个最基本的 clustering 办法 k-means ,这次要说的 k-medoids 算法,其实从名字上就可以看出来,和 k-means 肯定是非常相似的。事实也确实如此,k-medoids 可以算是 k-means 的一个变种。
k-medoids 和 k-means 不一样的地方在于中心点的选取,在 k-means 中,我们将中心点取为当前 cluster 中所有数据点的平均值:
Rough Collie
并且我们已经证明在固定了各个数据点的 assignment 的情况下,这样选取的中心点能够把目标函数 最小化。然而在 k-medoids 中,我们将中心点的选取限制在当前 cluster 所包含的数据点的集合中。换句话说,在
k-medoids 算法中,我们将从当前 cluster 中选取这样一个点——它到其他所有(当前 cluster 中的)点的距离之和最小——作为中心点。k-means 和 k-medoids 之间的差异就类似于一个数据样本的均值 (mean) 和中位数 (median) 之间的差异:前者的取值范围可以是连续空间中的任意值,而后者只能在给样本给定的那些点里面选。那么,这样做的好处是什么呢?
一个最直接的理由就是 k-means 对数据的要求太高了,它使用欧氏距离描述数据点之间的差异 (dissimilarity) ,从而可以直接通过求均值来计算中心点。这要求数据点处在一个欧氏空间之中。
然而并不是所有的数据都能满足这样的要求,对于数值类型的特征,比如身高,可以很自然地用这样的方式来处理,但是类别 (categorical) 类型的特征就不行了。举一个简单的例子,如果我现在要对犬进行聚类,并且希望直接在所有犬组成的空间中进行,k-means 就无能为力了,因为欧氏距离 在这里不能用了:一只Samoyed 减去一只 Rough Collie 然后在平方一下?天知道那是什么!再加上一只 German Shepherd Dog 然后求一下平均值?根本没法算,k-means 在这里寸步难行!
在 k-medoids 中,我们把原来的目标函数 中的欧氏距离改为一个任意的 dissimilarity measure 函数 :
<img src="/inc/test.jsp?url=http%3A%2F%2Fblog.pluskid.org%2Flatexrender%2Fpictures%2Fc2f42fa0d2b5b49f31e8a7459af89a4e.png&refer=http%3A%2F%2Fblog.csdn.net%2Fzhazhiqiang%2Farticle%2Fdetails%2F19554235" alt="漫谈 Clustering (2): k" >
最常见的方式是构造一个 dissimilarity matrix 来代表 ,其中的元素 表示第 只狗和第 只狗之间的差异程度,例如,两只 Samoyed 之间的差异可以设为 0 ,一只 German Shepherd Dog 和一只 Rough Collie 之间的差异是 0.7,和一只 Miniature Schnauzer 之间的差异是 1 ,等等。
除此之外,由于中心点是在已有的数据点里面选取的,因此相对于 k-means 来说,不容易受到那些由于误差之类的原因产生的 Outlier 的影响,更加 robust 一些。
扯了这么多,还是直接来看看 k-medoids 的效果好了,由于 k-medoids 对数据的要求比 k-means 要低,所以 k-means 能处理的情况自然 k-medoids 也能处理,为了能先睹为快,我们偷一下懒,直接在中的 k-means 代码的基础上稍作一点修改,还用同样的例子。将代码的 45 到 47 行改成下面这样:
45 46 47 48 49 50 Copier après la connexion |
<span><strong>for</strong></span> j <span><strong>in</strong></span> <span>range</span>(k): idx_j = (labels == j).nonzero() distj = distmat(X[idx_j], X[idx_j]) distsum = ml.<span>sum</span>(distj, axis=<span>1</span>) icenter = distsum.argmin() centers[j] = X[idx_j[<span>0</span>][icenter]] Copier après la connexion |
可以看到 k-medoids 在这个例子上也能得到很好的结果:
而且,同 k-means 一样,运气不好的时候也会陷入局部最优解中:
如果仔细看上面那段代码的话,就会发现,从 k-means 变到 k-medoids ,时间复杂度陡然增加了许多:在 k-means 中只要求一个平均值 即可,而在 k-medoids 中则需要枚举每个点,并求出它到所有其他点的距离之和,复杂度为 。
看完了直观的例子,让我们再来看一个稍微实际一点的例子好了:Document Clustering ——那个永恒不变的主题,不过我们这里要做的聚类并不是针对文档的主题,而是针对文档的语言。实验数据是从 Europarl 下载的包含 Danish、German、Greek、English、Spanish、Finnish、French、Italian、Dutch、Portuguese 和 Swedish 这些语言的文本数据集。
在 N-gram-based text categorization 这篇 paper 中描述了一种计算由不同语言写成的文档的相似度的方法。一个(以字符为单位的) N-gram 就相当于长度为 N 的一系列连续子串。例如,由 hello 产生的 3-gram 为:hel、ell 和 llo ,有时候还会在划分 N-gram 之前在开头和末尾加上空格(这里用下划线表示):_he、hel、ell、llo、lo_ 和 o__ 。按照 Zipf’s law :
The nth most common word in a human language text occurs with a frequency inversely proportional to n.
这里我们用 N-gram 来代替 word 。这样,我们从一个文档中可以得到一个 N-gram 的频率分布,按照频率排序一下,只保留频率最高的前 k 个(比如,300)N-gram,我们把叫做一个“Profile”。正常情况下,某一种语言(至少是西方国家的那些类英语的语言)写成的文档,不论主题或长短,通常得出来的 Profile 都差不多,亦即按照出现的频率排序所得到的各个 N-gram 的序号不会变化太大。这是非常好的一个性质:通常我们只要各个语言选取一篇(比较正常的,也不需要很长)文档构建出一个 Profile ,在拿到一篇未知文档的时候,只要和各个 Profile 比较一下,差异最小的那个 Profile 所对应的语言就可以认定是这篇未知文档的语言了——准确率很高,更可贵的是,所需要的训练数据非常少而且容易获得,训练出来的模型也是非常小的。
不过,我们这里且撇开分类(Classification)的问题,回到聚类(Clustering)上,按照前面的说法,在 k-medoids 聚类中,只需要定义好两个东西之间的距离(或者 dissimilarity )就可以了,对于两个 Profile ,它们之间的 dissimilarity 可以很自然地定义为对应的 N-gram 的序号之差的绝对值,在 Python 中用下面这样一个类来表示:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 Copier après la connexion |
<span><strong>class</strong></span> Profile(<span>object</span>): <span><strong>def</strong></span> <span>__init__</span>(<span>self</span>, path, N=<span>3</span>, psize=<span>400</span>): <span>self</span>.N = N <span>self</span>.psize = psize <span>self</span>.build_profile(path) sep = <span>re</span>.<span>compile</span>(r<span>'<span><strong>\W</strong></span>+'</span>) <span><strong>def</strong></span> build_profile(<span>self</span>, path): grams = {} <span><strong>with</strong></span> <span>open</span>(path) <span><strong>as</strong></span> inf: <span><strong>for</strong></span> line <span><strong>in</strong></span> inf: <span><strong>for</strong></span> tok <span><strong>in</strong></span> <span>self</span>.sep.split(line): <span><strong>for</strong></span> n <span><strong>in</strong></span> <span>range</span>(<span>self</span>.N): <span>self</span>.feed_ngram(grams, tok, n+<span>1</span>) <span>self</span>.create_profile(grams.items()) <span><strong>def</strong></span> create_profile(<span>self</span>, grams): <span><em># keep only the top most psize items</em></span> grams.sort(key=itemgetter(<span>1</span>), reverse=<span>True</span>) grams = grams[:<span>self</span>.psize] <span>self</span>.<span>profile</span> = <span>dict</span>() <span><strong>for</strong></span> i <span><strong>in</strong></span> <span>range</span>(<span>len</span>(grams)): <span>self</span>.<span>profile</span>[grams[i][<span>0</span>]] = i <span><strong>def</strong></span> <span>__getitem__</span>(<span>self</span>, key): idx = <span>self</span>.<span>profile</span>.get(key) <span><strong>if</strong></span> idx <span><strong>is</strong></span> <span>None</span>: <span><strong>return</strong></span> <span>len</span>(<span>self</span>.<span>profile</span>) <span><strong>return</strong></span> idx <span><strong>def</strong></span> dissimilarity(<span>self</span>, o): <span>dis</span> = <span>0</span> <span><strong>for</strong></span> tok <span><strong>in</strong></span> <span>self</span>.<span>profile</span>.keys(): <span>dis</span> += <span>abs</span>(<span>self</span>[tok]-o[tok]) <span><strong>for</strong></span> tok <span><strong>in</strong></span> o.<span>profile</span>.keys(): <span>dis</span> += <span>abs</span>(<span>self</span>[tok]-o[tok]) <span><strong>return</strong></span> <span>dis</span> <span><strong>def</strong></span> feed_ngram(<span>self</span>, grams, tok, n): <span><strong>if</strong></span> n <span>!</span>= <span>0</span>: tok = <span>'_'</span> + tok tok = tok + <span>'_'</span> <span>*</span> (n-<span>1</span>) <span><strong>for</strong></span> i <span><strong>in</strong></span> <span>range</span>(<span>len</span>(tok)-n+<span>1</span>): gram = tok[i:i+n] grams.setdefault(gram, <span>0</span>) grams[gram] += <span>1</span> Copier après la connexion |
europarl 数据集共有 11 种语言的文档,每种语言包括大约 600 多个文档。我为这七千多个文档建立了 Profile 并构造出一个 7038×7038 的 dissimilarity matrix ,最后在这上面用 k-medoids 进行聚类。构造 dissimilarity matrix 的过程很慢,在我这里花了将近 10 个小时。相比之下,k-medoids 的过程在内存允许的情况下,采用向量化的方法来做实际上还是很快的,并且通常只要数次迭代就能收敛了。实际的 k-medoids 实现可以在 mltk 中找到,今后如果有时间的话,我会陆续地把一些相关的比较通用的代码放到那里面。
Hungarian algorithm 来求解。
我们这里有 11 种语言,全排列有 11! = 39916800 种情况, 对于每一种排列,我们需要遍历一次 label list ,并数出真正的 label (语言)与聚类得出的结果相同的文档的个数,再除以总的文档个数,得到 accuracy 。假设每次遍历并求出 accuracy 只需要 1 毫秒的时间的话,总共也需要 11 个小时才能得到结果。看上去好像也不是特别恐怖,不过相比起来,用 Hungarian algorithm 的话,我们可以几乎瞬间得到结果。由于文章的篇幅已经很长了,就不在这里介绍具体的算法了,感兴趣的同学可以参考 Wikipedia ,这里我直接使用了一个现有的 Python 实现。
虽然这个实验非常折腾,不过最后的结果其实就是一个数字:accuracy ——在我这里达到了 88.97% ,证明 k-medoids 聚类和 N-gram Profile 识别语言这两种方法都是挺不错的。最后,如果有感兴趣的同学,代码可以从这里下载。需要最新版的 scipy, munkres.py 和 mltk 以及 Python 2.6 。