Python でコンソール出力をファイルにリダイレクトするにはどうすればよいですか?

コンソール出力をファイルにリダイレクトする

Python では、stdout ストリームをファイルにリダイレクトすることで、開発者は印刷出力をキャプチャして保存できます。これを実現するには、sys.stdout 属性を操作します。ただし、元の質問で概説されているアプローチでは望ましい出力が生成されないという最近の問題が報告されています。

問題の解決策

問題は、間違ったものにあります。印刷時の file= パラメーターの使用法。 Python バージョン 3.x 以降では、正しい構文は print('Filename:', filename, file=f) です。 Python 2.x の場合は、 print >> を使用します。 f, 'Filename:', filename.

または、with ステートメントを使用して標準出力をより簡潔にリダイレクトすることもできます。

with open('output.txt', 'w') as f:
    with redirect_stdout(f):
        print('Filename:', filename)

追加のメソッド

sys.stdout を使用する以外にも、リダイレクトする方法があります出力:

• ファイル オブジェクトの使用: 以下に示すように、ファイル オブジェクトに直接書き込みます:

  with open('out.txt', 'w') as f:
    print('Filename:', filename, file=f)

• 外部シェル リダイレクト: > を使用します。出力をリダイレクトするシェル内の演算子:

  ./script.py > out.txt

トラブルシューティング

提供されたスクリプトで、次のことを確認してください:

• 指定されたパス (/home/xxx/nearline/bamfiles) には有効なファイルが含まれています.bam ファイル
• glob.glob 関数はこれらのファイルを正しく識別します
• samtools 実行可能ファイルへのフルパスは正しいです (/share/bin/samtools/samtools)

改善されました結果

修正された構文とファイル オブジェクトを使用すると、予期される出力は次のようになります。

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

この更新されたバージョンのスクリプトは出力をキャプチャし、出力にリダイレクトします。 txt ファイル。

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