それともセッション関連の問題でしょうか?

まだセッションの問題ですか?
セッションをフォルダーに保存しました

ユーザーの数が増えると、セッション ファイルが増えます。

どうしよう。

ユーザーが繰り返しログインしても新しいファイルは生成されないことはわかっています。

ユーザーがクリックして終了するときに $_SESSION = array() と session_destroy() も使用しました。

しかし、今ではクリックして終了する人はほとんどいません。
------解決策---------
自分で削除してください。