ブートストラップテストとは

#ブートストラップ テストとは何ですか?

ブートストラップ テストはブートストラップ法テストであり、置換サンプリングです。統計的手法 では、データセットを複数回繰り返しサンプリングすることによって、複数の進化ツリーを構築し、特定のツリーの分岐の信頼性をチェックします。

ブートストラップの概要

遺伝子ツリーは、一連の配列の進化的関係の真のパターンを推定したものです。置換の数にはランダムな変動があるため、真の遺伝子ツリーは不明です。遺伝子ツリーでは、短い枝は長い枝よりも信頼性が低いことが予想されます。

それでは、どのような基準が考えられるでしょうか。特定の遺伝子ツリーを評価するために使用されますか?特定の分岐順序の信頼性はどうですか?たとえば、図 17.1C では、これらのデータは本当に Mo/Ha 系統を、Hu/Ba/Co/Sh に先行する共通の祖先から分離できますか? lineage?

遺伝子ツリー内のノードの信頼性を評価する一般的な方法はブートストラップと呼ばれます。この方法では、サイトがランダムに選択され、実際のデータから構築されます。 1000 以上の異なるデータセットのブートストラップ サンプリングは置換サンプリングで実行されます。これは、同じ遺伝子座が偶然に 2 回以上選択される可能性があることを意味します。したがって、図 17.1A の配列からのブートストラップ サンプルは、ランダムに 50 部位のサンプルになります。容量 50 の特定のブートストラップ サンプルでは、​​18 サイトが 1 回出現し、9 サイトが 2 回出現し、5 サイトが 3 回以上出現し、18 サイトはまったく出現しないと予想されます。 、遺伝子ツリー内で特定の分岐パターンが配列内のほとんどの部位でサポートされている場合、ほとんどのブートストラップ サンプルから得られた遺伝子ツリーには同じ分岐パターンが含まれますが、特定の分岐パターンをサポートする部位の数が比較的少ない場合は、その場合、多くのブートストラップ サンプルの遺伝子ツリーから派生した遺伝子ツリーには、この分岐パターンは含まれません。

図 17.1C の遺伝子ツリーでは、1000 個のブートストラップ サンプルのうち、含まれる分岐順序をサポートするサンプルは 50 未満です。実際的に言えば、この結果は、タンパク質のこの小さなセグメントについて、Hu/Ba、Co/Sh、および Mo/Ha 分類群が非常に近い時期に分離したことを示しており、どの分類群が分離したかという問題は解決されません。まず解決できません。

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