Python에서 DICOM 이미지를 읽는 코드 예제 공유

DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)은 의료 영상 및 관련 정보에 대한 국제 표준(ISO 12052)입니다. 다음 글에서는 python 관련 정보를 주로 소개합니다. 필요한 친구들이 참고할 수 있습니다.

DICOM 소개

DICOM3.0 영상은 의료 영상 장비에서 생성되는 표준 의료 영상 영상으로, DICOM은 방사선 의학, 심혈관 영상 및 방사선 진단 및 치료 장비(X-ray, CT, MRI)에 널리 사용됩니다. , 초음파 등), 안과, 치과 등 다른 의료 분야에서도 점점 더 많이 사용되고 있습니다. 수만 개의 의료 영상 장치가 사용되고 있는 DICOM은 가장 널리 배포된 의료 정보 표준 중 하나입니다. 현재 임상용 DICOM 표준을 준수하는 의료 이미지는 약 수백억 개에 이릅니다. 신비스러워 보이는 이미지 파일을 읽는 방법은 무엇인가요? 인터넷에서 검색해 보면 다양한 방법이 나오지만, 보다 체계적인 사용 방법이 부족합니다. 다음 기사에서는 Baidu 정보와 python2.7을 결합하여 DICOM 이미지를 읽고 사용하는 방법을 설명합니다.

DICOM 이미지를 읽으려면 pydicom, CV2, numpy, matplotlib 라이브러리가 필요합니다. pydicom은 dicom 이미지 처리를 전문으로 하는 Python 전용 패키지이고, numpy는 과학적인 계산을 효율적으로 처리하는 패키지이자 데이터를 기반으로 그리기

를 위한 라이브러리입니다.

Installation:

pip install matplotlib

pip install opencv-python #opencv的安装，小度上基本都是要下载包，安装包后把包复制到某个文件夹下，
#后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法，亲测可用

pip install pydicom

pip install numpy

제 기억이 맞다면 pydicom을 설치하면 numpy도 자동으로 설치됩니다.

이러한 라이브러리를 설치한 후 dicom 파일을 작동할 수 있습니다.

자세한 내용은 아래 코드를 참조하세요.

#-*-coding:utf-8-*-
import cv2
import numpy
import dicom
from matplotlib import pyplot as plt

dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")
dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept

slices = []
slices.append(dcm)
img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)
img = numpy.uint8(img)

im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)
for contour in contours:
 cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)
img[(mask > 0)] = 255


kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))
img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)


img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
img2[(img == 0)] = -2000


plt.figure(figsize=(12, 12))
plt.subplot(131)
plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')
plt.title('Original')
plt.subplot(132)
plt.imshow(img, 'gray')
plt.title('Mask')
plt.subplot(133)
plt.imshow(img2, 'gray')
plt.title('Result')
plt.show()

DICOM 이미지에는 환자 관련 정보 사전이 포함되어 있으며 dir을 사용하여 DICOM 파일에 어떤 정보가 있는지 확인하고 관련 값을 반환할 수 있습니다. ​​사전을 통해서요.

import dicom
import json
def loadFileInformation(filename):
 information = {}
 ds = dicom.read_file(filename)
 information['PatientID'] = ds.PatientID
 information['PatientName'] = ds.PatientName
 information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate
 information['PatientSex'] = ds.PatientSex
 information['StudyID'] = ds.StudyID
 information['StudyDate'] = ds.StudyDate
 information['StudyTime'] = ds.StudyTime
 information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName
 information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer
 print dir(ds)
 print type(information)
 return information

a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')
print a

요약

위 내용은 Python에서 DICOM 이미지를 읽는 코드 예제 공유의 상세 내용입니다. 자세한 내용은 PHP 중국어 웹사이트의 기타 관련 기사를 참조하세요!