第一列(scaffold这一列)相同,则根据第AS列(AS:i:xx)数字 xx的大小,保留数字最大的行。如果数字大小相同则都保留。
举例,
输入文件
scaffold_010679_1AL.2 16 chr1A 429400034 119 3272M * GACACAAGAGACTCTTTG * AS:i:3268 XS:i:2147 XF:i:0 XE:i:29 NM:i:1
scaffold_010679_1AL.2 16 chr1A 429400034 119 3272M * GACACAAGAGACTCTTTG * AS:i:3268 XS:i:2147 XF:i:0 XE:i:29 NM:i:1
scaffold_010679_1AL.2 16 chr1A 429400034 119 3272M * GACACAAGAGACTCTTTG * AS:i:1268 XS:i:2147 XF:i:0 XE:i:29 NM:i:1
scaffold_010679_1AL.3 16 chr1A 429397743 19 599S1730M1I279M * 0 0 TGCCGAGGTTTTTGA * AS:i:1998 XS:i:1877 XF:i:3 XE:i:20 NM:i:2 XN:i:1
scaffold_010679_1AL.3 16 chr1A 429397743 19 599S1730M1I279M * 0 0 TGCCGAGGTTTTTGA * AS:i:1098 XS:i:1877 XF:i:3 XE:i:20 NM:i:2 XN:i:1
结果文件
scaffold_010679_1AL.2 16 chr1A 429400034 119 3272M * GACACAAGAGACTCTTTG * AS:i:3268 XS:i:2147 XF:i:0 XE:i:29 NM:i:1
scaffold_010679_1AL.2 16 chr1A 429400034 119 3272M * GACACAAGAGACTCTTTG * AS:i:3268 XS:i:2147 XF:i:0 XE:i:29 NM:i:1
scaffold_010679_1AL.3 16 chr1A 429397743 19 599S1730M1I279M * 0 0 TGCCGAGGTTTTTGA * AS:i:1998 XS:i:1877 XF:i:3 XE:i:20 NM:i:2 XN:i:1
으아악
으아악
으아아아
아이디어 파일을 별표*에 따라 3개의 열로 나누고, 세 번째 열을 기준으로 내림차순으로 정렬하고, 첫 번째 행을 꺼내고, AS:i: 최대 개수를 빼고, grep으로 검색하여 결과를 얻습니다. .
문제를 잘 안읽고 실수했어요~~결과가 틀렸어요