Rumah Tutorial sistem Siri Windows Bolehkah saya memasang perisian HMMER pada sistem Windows?

Bolehkah saya memasang perisian HMMER pada sistem Windows?

Jan 23, 2024 am 08:57 AM

Bolehkah saya memasang perisian HMMER pada sistem Windows?

Bolehkah perisian hmmer dipasang pada sistem windows

hmmer muat turun dan pemasangan

Untuk sistem Mac OS/X, Linux, UNIX, susun dan pasang daripada kod sumber:

% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % buat semak

Untuk sistem windows, muat turun pakej termampat binari terus, nyahmampat dan gunakannya.

Hmmer termasuk program

phmmer: Sama seperti Blastp, menggunakan jujukan protein untuk mencari perpustakaan jujukan protein

>tutorial phmmer/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

jackhmmer: Sama seperti psiBlast, jujukan protein secara berulang mencari perpustakaan jujukan protein

>tutorial jackhmmer/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

hmmbuild: Bina model HMM menggunakan berbilang jujukan sejajar

hmmsearch: Gunakan model HMM untuk mencari perpustakaan jujukan

hmmscan: Cari perpustakaan HMM menggunakan jujukan

hmmalign: Gunakan HMM sebagai petunjuk untuk membina berbilang jujukan penjajaran

>hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa

hmmconvert: Tukar format HMM

hmmemit: Dapatkan urutan corak daripada model HMM

hmmfetch: Dapatkan model HMM dari perpustakaan HMM mengikut nama atau nombor penerimaan

hmmpress: Format pangkalan data HMM untuk memudahkan carian hmmscan

hmmstat: Paparkan maklumat statistik pangkalan data HMM

Cari pangkalan data jujukan menggunakan model HMM

Gunakan hmmbuild untuk membina model HMM Input ialah fail jujukan penjajaran berbilang dalam format Stockholm atau format FASTA (seperti: tutorial/globins4.sto) Perintahnya adalah seperti berikut:

>hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

globin4.hmm ialah model HMM keluaran

Gunakan hmmsearch untuk mencari pangkalan data jujukan protein Pangkalan data jujukan protein adalah dalam format FASTA

>hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta >globins4.out

globins4.out ialah fail hasil keluaran, seperti berikut:

*Contoh menggunakan contoh daripada tutorial rasmi

Cari pangkalan data HMM menggunakan urutan protein

Bina pangkalan data HMM ialah fail yang mengandungi berbilang model HMM, ia boleh dimuat turun daripada Pfam, SMART dan TIGRFams, atau ia boleh dibina sendiri daripada berbilang jujukan penjajaran, seperti:

.

>hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

>hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto

>hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto

>globin kucing4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm >minifam

Gunakan hmmpress untuk memformat pangkalan data, termasuk pemampatan dan penciptaan indeks Arahannya adalah seperti berikut:

>hmmpress minifam

Langkah ini boleh diselesaikan dengan cepat, dan kandungan output adalah seperti berikut:

Bekerja… selesai.

Ditekan dan diindeks 3 HMM (3 nama dan 2 penyertaan).

Model ditekan ke dalam fail binari: minifam.h3m

Indeks SSI untuk fail model binari: minifam.h3i

Profil (bahagian MSV) ditekan ke: minifam.h3f

Profil (baki) ditekan ke: minifam.h3p

Gunakan hmmscan untuk mencari pangkalan data HMM, arahannya adalah seperti berikut:

>tutorial minifam hmmscan/7LESS_DROME

Cara menukar fail format fasta ke format sto menggunakan perisian hmmer

Saya juga menghadapi masalah ini Saya mencari dalam talian untuk masa yang lama dan tidak dapat mencari penyelesaian yang sesuai, jadi saya menulis sendiri Kodnya adalah seperti berikut

glob import # adalah semua perkara daripada perpustakaan standard

import os

# Letakkan fail fasta yang anda ingin bina hmm (berbanding) dalam folder yang sama dengan program ini, dan kemudian jalankan program ini untuk menjalankan hmmbuild secara langsung

os.chdir(os.path.dirname(__file__))

fs = glob.glob('*.fasta') # Dapatkan setiap fail fasta Jika fail fasta anda mempunyai akhiran selain .fasta, anda boleh menukarnya di sini atau menukarnya terus kepada '*.fa*'

.

untuk f dalam fs:

hmm = os.path.splitext(f)[0] + '.hmm'

stockholm = os.path.splitext(f)[0] + '.sto'

dengan open(f, 'r') sebagai fhandle: # Ini digunakan untuk membaca fail fasta dan menyimpan semua fail fasta ke senarai

fastas = ['>' + tmp.replace('n', 'r', 1).replace('n', '').replace('r', 'n') untuk tmp dalam tuple(filter( Tiada, (fhandle.read().split('>'))))]

untuk saya dalam julat(len(fastas)):

fastas[i] = fastas[i].split('n')

fastas[i][0] = fastas[i][0].split()[0][1:10]

tmp = []

untuk j dalam julat(len(fastas[i][1]) // 80 + 1):

tmp.append(fastas[i][1][80 * j : 80 * j + 80])

fastas[i][1] = tmp

dengan open(stockholm, 'w') sebagai keluar: # Fail sto sedang ditulis di sini

keluar.tulis('# STOCKHOLM 1.0nn')

untuk j dalam julat(len(fastas[0][1]) - 1):

untuk saya dalam julat(len(fastas)):

out.write('% -12s%sn' % (fastas[i][0], fastas[i][1][j]))

keluar.tulis('n')

untuk saya dalam julat(len(fastas)):

out.write('% -12s%sn' % (fastas[i][0], fastas[i][1][-1]))

keluar.tulis('//')

os.system('hmmbuild --amino %s %s' % (hmm, stockholm)) # hmmbuild berjalan di sini, anda boleh mengubah suai parameter di dalam sendiri

Bagaimana untuk mengajar diri sendiri bioinformatik

1. Mulakan dengan alat bioinformatik sedia ada. Biasakan cara menggunakan perisian sedia ada, pelayan rangkaian, pangkalan data, dll. Jangan buat kerja anda sendiri .

2. Biasa dengan sistem pengendalian baris arahan, DOS, Linux, dan boleh menulis cangkerang mudah dan kemudian boleh memasang program peringkat baris arahan dan menjalankan beberapa proses biasa. Mempelajari cara mencari dan memasang perisian adalah kemahiran yang paling penting dan asas. Sebenarnya, banyak masalah boleh diselesaikan dengan mudah jika anda mencari pakej perisian yang betul.

3 Biasakan bahasa skrip yang mudah, saya secara peribadi mengesyorkan python, sila lihat siaran saya. Skrip kecil sangat berguna apabila tiada alat siap sedia, atau apabila penukaran format data diperlukan. Aplikasi umum tidak perlu menulis terlalu banyak kod sendiri Kita mesti percaya bahawa pakar lain mungkin menghadapi masalah yang biasa kita hadapi, jadi terdapat sejumlah besar kit alat di Internet. Bagi lebih banyak bahasa pengaturcaraan, seseorang boleh menguasai segala-galanya, R, perl, dll. semuanya serupa.

4. Biasakan algoritma dan struktur data yang mudah, supaya anda boleh memahami mekanisme dalaman banyak program, dan kemudian mengetahui kelebihan dan kekurangannya, yang juga akan membantu untuk menulis program anda sendiri. Jika anda mempunyai tenaga, kemudian kaji statistik, pembelajaran mesin, dsb. .

5 Kembangkan, penyelidikan, analisis dan kembangkan dalam bidang biologi anda sendiri.

Atas ialah kandungan terperinci Bolehkah saya memasang perisian HMMER pada sistem Windows?. Untuk maklumat lanjut, sila ikut artikel berkaitan lain di laman web China PHP!

Kenyataan Laman Web ini
Kandungan artikel ini disumbangkan secara sukarela oleh netizen, dan hak cipta adalah milik pengarang asal. Laman web ini tidak memikul tanggungjawab undang-undang yang sepadan. Jika anda menemui sebarang kandungan yang disyaki plagiarisme atau pelanggaran, sila hubungi admin@php.cn

Alat AI Hot

Undresser.AI Undress

Undresser.AI Undress

Apl berkuasa AI untuk mencipta foto bogel yang realistik

AI Clothes Remover

AI Clothes Remover

Alat AI dalam talian untuk mengeluarkan pakaian daripada foto.

Undress AI Tool

Undress AI Tool

Gambar buka pakaian secara percuma

Clothoff.io

Clothoff.io

Penyingkiran pakaian AI

AI Hentai Generator

AI Hentai Generator

Menjana ai hentai secara percuma.

Artikel Panas

R.E.P.O. Kristal tenaga dijelaskan dan apa yang mereka lakukan (kristal kuning)
2 minggu yang lalu By 尊渡假赌尊渡假赌尊渡假赌
Repo: Cara menghidupkan semula rakan sepasukan
4 minggu yang lalu By 尊渡假赌尊渡假赌尊渡假赌
Hello Kitty Island Adventure: Cara mendapatkan biji gergasi
3 minggu yang lalu By 尊渡假赌尊渡假赌尊渡假赌

Alat panas

Notepad++7.3.1

Notepad++7.3.1

Editor kod yang mudah digunakan dan percuma

SublimeText3 versi Cina

SublimeText3 versi Cina

Versi Cina, sangat mudah digunakan

Hantar Studio 13.0.1

Hantar Studio 13.0.1

Persekitaran pembangunan bersepadu PHP yang berkuasa

Dreamweaver CS6

Dreamweaver CS6

Alat pembangunan web visual

SublimeText3 versi Mac

SublimeText3 versi Mac

Perisian penyuntingan kod peringkat Tuhan (SublimeText3)

Desktop kerangka mungkin PC kecil yang paling keren yang pernah saya lihat Desktop kerangka mungkin PC kecil yang paling keren yang pernah saya lihat Mar 01, 2025 am 03:04 AM

Rangka Kerja Desktop: Yang Baik, Yang Buruk, dan Yang Tidak Dijangka Rangka Kerja Desktop, PC padat yang menekankan peningkatan, sebahagian besarnya menyampaikan janjinya. Teardown Ifixit mendedahkan reka bentuk yang mengutamakan komponen standard, menjadikan tanda peningkatan masa depan

Powertoys adalah karya utama dari aplikasi sahabat di rumah Powertoys adalah karya utama dari aplikasi sahabat di rumah Mar 03, 2025 am 10:07 AM

PowerToys: Mengasingkan Windows anda bekerja-dari rumah pengalaman Bekerja dari rumah memberikan cabaran produktiviti yang unik. Gangguan berlimpah, menuntut ruang kerja yang difokuskan. Powertoys membantu mengoptimumkan pejabat rumah anda, sama ada ruang khusus atau

Cara Mencari Kekunci Produk untuk Windows 10 Cara Mencari Kekunci Produk untuk Windows 10 Mar 04, 2025 am 01:46 AM

Ambil Kunci Produk Windows 10 yang Hilang: Dua Cara Adakah anda kehilangan kunci produk anda setelah memasang Windows 10 yang tulen? Jangan risau, artikel ini akan memperkenalkan dua cara untuk mendapatkan kunci anda supaya anda dapat memasang semula sistem pada masa akan datang. Kes 1: Windows 10 dipasang tetapi kunci hilang Walaupun anda mendapat Windows 10 melalui peningkatan percuma atau pemasangan tulen, anda boleh mencari kunci produk dengan mudah menggunakan pencari kunci produk Isumsoft selagi komputer anda berfungsi dengan baik. Kaedah 1: Gunakan pencari kunci produk isumsoft Muat turun dan Pasang: Muat turun dan pasang Pencari Kunci Produk Isumsoft ke komputer anda. Cari Kunci Produk: Mulakan

Cara Memasang Windows 11 23H2 pada PC yang tidak disokong Cara Memasang Windows 11 23H2 pada PC yang tidak disokong Mar 03, 2025 pm 12:55 PM

Pada separuh kedua tahun 2023, Microsoft mengeluarkan sistem Windows 11 23H2. Ramai pengguna tidak sabar untuk menaik taraf komputer mereka ke versi terkini, tetapi sesetengah pengguna menemui mesej ralat "Komputer ini tidak memenuhi keperluan minimum ..." Apabila cuba memasang Windows 11 23H2 pada komputer yang tidak disokong. Jangan risau! Artikel ini akan menyediakan panduan langkah demi langkah untuk memasang Windows 11 23H2 pada komputer yang tidak disokong. Mari mulakan! NOTA: Microsoft berkata, "Memasang Windows 11 pada komputer yang tidak disokong tidak disyorkan. Jika anda memilih untuk memasang Windows 11 pada perkakasan yang tidak layak, anda harus mengambil risiko masalah keserasian." Benarkan

Asus Zenbook s 14 (2024) Kajian: Penambahbaikan berulang dari Ultraportable Premium Asus Zenbook s 14 (2024) Kajian: Penambahbaikan berulang dari Ultraportable Premium Mar 01, 2025 am 06:01 AM

The 2024 Asus Zenbook S 14: Pesaing MacBook Air peringkat teratas Asus Zenbook S 14 (2024) muncul sebagai alternatif Windows utama kepada MacBook Air Apple, yang membanggakan peningkatan yang signifikan. Ultraportable yang ditapis ini mengekalkan reka bentuk ringan dan

Papan kekunci ergonomik terbaik pada tahun 2025 Papan kekunci ergonomik terbaik pada tahun 2025 Mar 03, 2025 am 10:02 AM

Papan kekunci ergonomik terbaik yang disyorkan pada tahun 2025 Papan kekunci ergonomik berfungsi sama seperti papan kekunci biasa, tetapi menambah sokongan untuk mengurangkan tekanan pada pergelangan tangan, tangan dan jari. Papan kekunci ini direka untuk menjaga tangan dan pergelangan tangan anda dalam kedudukan yang lebih semula jadi, membantu meminimumkan ketegangan otot dan mencegah kerosakan yang berpotensi daripada menaip yang berpanjangan. Terdapat pelbagai jenis papan kekunci ergonomik yang terdapat di pasaran, jadi pastikan anda mempertimbangkan ciri -ciri yang paling penting bagi anda sebelum membeli. Dari susun atur ke reka bentuk, setiap jenis menawarkan manfaat unik berdasarkan keutamaan dan keperluan anda. Kebanyakan papan kekunci ergonomik jatuh ke dalam dua kategori. Kategori pertama adalah papan kekunci berpecah, yang, seperti namanya, membahagikan susun atur utama menjadi dua bahagian untuk postur pergelangan tangan yang lebih semula jadi. Terdapat dua jenis papan kekunci berpecah:

Cara menukar fon dan susun atur tetingkap PowerShell Cara menukar fon dan susun atur tetingkap PowerShell Mar 03, 2025 pm 01:03 PM

Tingkatkan pengalaman Windows 10 PowerShell anda dengan langkah -langkah penyesuaian mudah ini! Panduan ini menunjukkan kepada anda cara menyesuaikan fon PowerShell dan membolehkan pembalut teks automatik untuk pembacaan semula dan pemasangan tetingkap yang optimum. Mari mulakan: Langkah 1

Ciri -ciri Permainan Top 3 Windows 11 yang Outshine Windows 10 Ciri -ciri Permainan Top 3 Windows 11 yang Outshine Windows 10 Mar 16, 2025 am 12:17 AM

Naik taraf ke Windows 11: Meningkatkan Pengalaman Permainan PC Anda Windows 11 menawarkan ciri -ciri permainan baru yang menarik yang meningkatkan pengalaman permainan PC anda dengan ketara. Peningkatan ini patut dipertimbangkan untuk mana -mana pemain PC yang bergerak dari Windows 10. Auto HDR: Eleva

See all articles