FAISS CGO melontar 'simbol tidak ditentukan untuk arm64 seni bina' apabila menggunakan libfaiss

使用 libfaiss_c.a 时，FAISS CGO 抛出“架构 arm64 的未定义符号”

Editor PHP Zimo menghadapi masalah apabila menggunakan libfaiss_c.a, iaitu, FAISS CGO melemparkan ralat "simbol tidak ditentukan untuk arm64 seni bina". Ralat ini mungkin disebabkan oleh kehilangan beberapa simbol apabila menggunakan libfaiss_c.a pada seni bina ARM 64-bit. Untuk menyelesaikan masalah ini, anda boleh cuba mengemas kini atau menyusun semula libfaiss_c.a untuk memastikan ia adalah versi yang sesuai untuk seni bina arm64. Selain itu, anda boleh menyemak sama ada pilihan kompilasi dan pautan yang betul digunakan. Saya harap penyelesaian ini dapat membantu pembangun yang menghadapi masalah yang sama.

Kandungan soalan

Saya cuba menulis pembungkus tersendiri go-faiss untuk memanggil fungsi KMEANS FAISS. Gudang: https://www.php.cn/link/4e4faae72b1c3cbd446a70e89e59d8fc

Pendekatan ini diilhamkan oleh https://github.com/andyalm/faissmask/tree/master/FaissMask/runtimes

Perpustakaan statik FAISSlibfaiss_c.a使用-DBUILD_SHARED_LIBS=OFFmembina

Apabila saya memautkan perpustakaan ini dengan CGO, saya mendapat

log ralat

# faiss-go/pkg/ivf.test
/usr/local/go/pkg/tool/darwin_arm64/link: running clang failed: exit status 1
Undefined symbols for architecture arm64:
  "faiss::Clustering::Clustering(int, int)", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "faiss::Clustering::Clustering(int, int, faiss::ClusteringParameters const&)", referenced from:
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "faiss::kmeans_clustering(unsigned long, unsigned long, unsigned long, float const*, float*)", referenced from:
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "faiss::ClusteringParameters::ClusteringParameters()", referenced from:
      _faiss_ClusteringParameters_init in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::exception_ptr::exception_ptr(std::exception_ptr const&)", referenced from:
      _faiss_get_last_error in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
  "std::exception_ptr::~exception_ptr()", referenced from:
      _faiss_get_last_error in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
      thread-local wrapper routine for faiss_last_exception in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering.cold.1 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      ...
  "std::exception_ptr::operator=(std::exception_ptr const&)", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering.cold.1 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering.cold.2 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::runtime_error::runtime_error(char const*)", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::runtime_error::runtime_error(std::runtime_error const&)", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::runtime_error::~runtime_error()", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering.cold.2 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char>>::basic_string(std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char>> const&)", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      faiss::FaissException::FaissException(faiss::FaissException const&) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::exception::~exception()", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering.cold.1 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::exception::~exception()", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      faiss::FaissException::FaissException(faiss::FaissException const&) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      faiss::FaissException::~FaissException() in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::current_exception()", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "std::rethrow_exception(std::exception_ptr)", referenced from:
      _faiss_get_last_error in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
  "std::terminate()", referenced from:
      ___clang_call_terminate in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "typeinfo for faiss::FaissException", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      GCC_except_table21 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      GCC_except_table28 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      GCC_except_table29 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      GCC_except_table31 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      ...
  "typeinfo for std::runtime_error", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "typeinfo for std::exception", referenced from:
      GCC_except_table0 in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      GCC_except_table21 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      GCC_except_table28 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      GCC_except_table29 in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      ...
  "vtable for faiss::FaissException", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      faiss::FaissException::FaissException(faiss::FaissException const&) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      faiss::FaissException::~FaissException() in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  NOTE: a missing vtable usually means the first non-inline virtual member function has no definition.
  "vtable for std::exception", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  NOTE: a missing vtable usually means the first non-inline virtual member function has no definition.
  "operator delete(void*)", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      faiss::FaissException::~FaissException() in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "operator new(unsigned long)", referenced from:
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "___cxa_allocate_exception", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "___cxa_begin_catch", referenced from:
      _faiss_get_last_error in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      ___clang_call_terminate in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      ...
  "___cxa_end_catch", referenced from:
      _faiss_get_last_error in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      ...
  "___cxa_free_exception", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "___cxa_throw", referenced from:
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_train in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_kmeans_clustering in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
  "___gxx_personality_v0", referenced from:
      _faiss_get_last_error in libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::runtime_error>(std::runtime_error) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<std::exception>(std::exception) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      std::exception_ptr std::make_exception_ptr[abi:v15006]<faiss::FaissException>(faiss::FaissException) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      faiss::FaissException::FaissException(faiss::FaissException const&) in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      _faiss_Clustering_new_with_params in libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o)
      ...
ld: symbol(s) not found for architecture arm64
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)

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Saya menggunakan pengepala CGO ini

/*
#cgo darwin LDFLAGS: -L${SRCDIR}/../../cgo/thirdparty/runtimes/osx-arm64/native -lfaiss_c

#include <stdlib.h>
#include <faiss/c_api/Clustering_c.h>
#include <faiss/c_api/impl/AuxIndexStructures_c.h>
#include <faiss/c_api/index_factory_c.h>
#include <faiss/c_api/error_c.h>
*/

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Namun, kod CGO ini berfungsi dengan baik apabila kita menggunakan -DBUILD_SHARED_LIBS=ON 构建 libfaiss_c.dylib 并将 libfaiss_c.dylib 添加到 /usr/local/lib . Pengepala CGO kini kelihatan seperti ini

/*
#cgo LDFLAGS: -lfaiss_c

#include <stdlib.h>
#include <faiss/c_api/Clustering_c.h>
#include <faiss/c_api/impl/AuxIndexStructures_c.h>
#include <faiss/c_api/index_factory_c.h>
#include <faiss/c_api/error_c.h>
*/

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Sila bantu saya memautkan *.a fail dengan CGO daripada laluan tersuai.

Kemas kini 1

Apabila saya mempunyai fail ini dalam /usr/local/lib

Larian ujian

Fail yang ditulis /usr/local/lib ini dibuat menggunakan fail make di bawah

GIT_COMMAND ?= git
FAISS_COMMIT ?= d87888b13e7eb339bb9c45825e9d20def6665171

all: faiss

.PHONY: faiss
faiss:
    if [ -e faiss ]; then \
        cd faiss && ${GIT_COMMAND} fetch origin && git reset --hard  $(FAISS_COMMIT); \
    else \
        ${GIT_COMMAND} clone https://github.com/facebookresearch/faiss.git && cd faiss && git reset --hard  $(FAISS_COMMIT); \
    fi
    cd faiss && \
        export CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/homebrew/opt/openblas:/opt/homebrew/opt/libomp:/opt/homebrew && \
        cmake -B build -DFAISS_ENABLE_GPU=OFF -DFAISS_ENABLE_C_API=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=ON -DFAISS_ENABLE_PYTHON=OFF . && \
        make -C build && \
        sudo make -C build install && \
        sudo cp build/c_api/libfaiss_c.dylib /usr/local/lib/libfaiss_c.dylib

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Kemas kini 2

Untuk perpustakaan pangkalan data go-rocks, https://github.com/linxGnu/grocksdb#build

Mereka juga mengesyorkan memasang/membina perpustakaan rocksdb secara setempat dan memautkannya dengan antara muka cgo.

Adakah kaedah membina perpustakaan statik "*.a" secara bebas dan menyediakannya sebagai perpustakaan bebas sah?

Kemas kini 3

Versi Go

$ go version
go version go1.20 darwin/arm64

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Sistem pengendalian dan seni bina pemproses?

<p>$ go env
GO111MODULE="on"
GOARCH="arm64"
GOBIN=""
GOEXE=""
GOEXPERIMENT=""
GOFLAGS=""
GOHOSTARCH="arm64"
GOHOSTOS="darwin"
GOINSECURE=""
GONOPROXY=""
GONOSUMDB=""
GOOS="darwin"
GOPRIVATE=""
GOPROXY="https://proxy.golang.org,direct"
GOROOT="/usr/local/go"
GOSUMDB="sum.golang.org"
GOTMPDIR=""
GOTOOLDIR="/usr/local/go/pkg/tool/darwin_arm64"
GOVCS=""
GOVERSION="go1.20"
GCCGO="gccgo"
AR="ar"
CC="clang"
CXX="clang++"
CGO_ENABLED="1"
GOMOD="/Users/me/GolandProjects/0learning/faiss-cgo-kmeans/go.mod"
GOWORK=""
CGO_CFLAGS="-O2 -g"
CGO_CPPFLAGS=""
CGO_CXXFLAGS="-O2 -g"
CGO_FFLAGS="-O2 -g"
CGO_LDFLAGS="-O2 -g"
PKG_CONFIG="pkg-config"

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Kemas kini 4

Rujukan: https://stackoverflow.com/a/63321095/1609570

<code>➜  native git:(master) otool -L libfaiss_c.a
Archive : libfaiss_c.a
libfaiss_c.a(AutoTune_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(Clustering_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexFlat_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexIVFFlat_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexIVF_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexLSH_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexPreTransform_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(VectorTransform_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexShards_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexReplicas_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(Index_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexBinary_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(IndexScalarQuantizer_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(MetaIndexes_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(clone_index_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(error_impl.cpp.o):
libfaiss_c.a(index_factory_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(index_io_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(AuxIndexStructures_c.cpp.o):
libfaiss_c.a(distances_c.cpp.o):
➜  native git:(master) 


</code>

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Penyelesaian

Terima kasih kepada @HarishGanesan kerana menunjukkan bahawa FAISS c_api bergantung pada FAISS dan pemautan statik perlu memasukkannya juga.

Selepas mengkaji CockroachDB 的 c-rocksdb 的实现之后，我发现一些额外的标志可以帮助解决架构arm64CockroachDB pelaksanaan c-rocksdb, boleh saya temui beberapa Flag tambahan bantu selesaikan </p>simbol tidak ditentukan <p> untuk ralat seni bina arm64

/*
#cgo CPPFLAGS: -Ithirdparty/libfaiss-src/c_api
#cgo CFLAGS: -Ithirdparty/libfaiss-src/c_api
#cgo darwin LDFLAGS: -Lthirdparty/runtimes/osx-arm64/native -lfaiss_c -lfaiss -lomp
#cgo darwin LDFLAGS: -Wl,-undefined -Wl,dynamic_lookup
#cgo !darwin LDFLAGS: -Wl,-unresolved-symbols=ignore-all

#include <stdlib.h>
#include <Clustering_c.h>
#include <impl/AuxIndexStructures_c.h>
#include <index_factory_c.h>
#include <error_c.h>
*/

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Kod ini pada masa ini berfungsi pada Cip Macbook M1 dan Cip M2.

Kod lengkap boleh didapati di sini

Kemas kini 1

https://www.php.cn/link/307eb8ee16198da891c521eca21464c1

https://www.php.cn/link/d585d095b00cd2f5b50acb64add23834

Projek ini adalah titik rujukan yang baik untuk pemautan statik terhadap perpustakaan C luaran. 🎜

Atas ialah kandungan terperinci FAISS CGO melontar 'simbol tidak ditentukan untuk arm64 seni bina' apabila menggunakan libfaiss_c.a. Untuk maklumat lanjut, sila ikut artikel berkaitan lain di laman web China PHP!