一般硬碟格式化有以下的幾種型別：
（1）FAT16
（2）FAT32
（3）NTFS
FAT32與NTFS的差異在推出FAT32檔案系統之前，通常PC機使用的檔案系統是FAT16。像是基於MS-DOS，Win 95等系統都採用了FAT16檔案系統。在Win 9X下，FAT16支援的分區最大為2GB。我們知道電腦將資訊保存在硬碟上稱為「簇」的區域內。使用的簇越小，保存資訊的效率就越高。在FAT16的情況下，分區越大簇就相應的要增大，儲存效率就越低，勢必造成儲存空間的浪費。並且隨著電腦硬體和應用的不斷提高，FAT16檔案系統已無法很好地適應系統的要求。在這種情況下，推出了增強的檔案系統FAT32。
同FAT16相比，FAT32主要具有以下特點：
1. 同FAT16相比FAT32最大的優點是可以支援的磁碟大小達到2TB（2047GB） ，但是不能支援小於512MB的分區。基於FAT32的Win 2000可以支援分區最大為32GB；而基於FAT16的Win 2000支援的分區最大為4GB。
2. 由於採用了較小的簇，FAT32檔案系統可以更有效率地保存資訊。如兩個分割區大小都為2GB，一個分割區採用了FAT16檔案系統，另一個分割區採用了FAT32檔案系統。採用FAT16的分割區的群集大小為32KB，而FAT32分割區的群集只有4KB的大小。這樣FAT32就比FAT16的儲存效率高很多，通常情況下可以提高15%。
3. FAT32檔案系統可以重新定位根目錄和使用FAT的備份副本。另外FAT32分區的啟動記錄被包含在一個含有關鍵資料的結構中，減少了電腦系統崩潰的可能性。
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NTFS檔案系統
NTFS檔案系統是一個基於安全性的文件系統，是Windows NT所採用的獨特的檔案系統結構，它是建立在保護文件和目錄資料基礎上，同時照顧節省儲存資源、減少磁碟佔用量的一種先進的檔案系統。使用非常廣泛的Windows NT 4.0採用的就是NTFS 4.0檔案系統，相信它所帶來的強大的系統安全性一定給廣大用戶留下了深刻的印象。 Win 2000採用了更新版本的NTFS檔案系統，NTFS 5.0。它的推出使得使用者不但可以像Win 9X一樣方便快速地操作和管理計算機，同時也可享受到NTFS所帶來的系統安全性。
NTFS 5.0的特點主要體現在以下幾個方面：
1.NTFS可以支援的分割區(如果採用動態磁碟則稱為磁碟區)大小可以達到2TB。而Win 2000中的FAT32支援分區的大小最大為32GB。
2.NTFS是一個可復原的檔案系統。在NTFS分割區上使用者很少需要執行磁碟修復程式。 NTFS透過使用標準的事物處理日誌和復原技術來保證分割區的一致性。發生系統失敗事件時，NTFS使用日誌檔案和檢查點資訊自動恢復檔案系統的一致性。
3.NTFS支援對分割區、資料夾和檔案的壓縮。任何基於Windows的應用程式對NTFS分區上的壓縮檔案進行讀寫時不需要事先由其他程式進行解壓縮，當對檔案進行讀取時,檔案將自動進行解壓縮；檔案關閉或儲存時會自動對文件進行壓縮。
4.NTFS採用了更小的叢集,可以更有效率地管理磁碟空間。在Win 2000的FAT32檔案系統的情況下,分區大小在2GB～8GB時簇的大小為4KB；分區大小在8GB～16GB時簇的大小為8KB；分區大小在16GB～32GB時,簇的大小則達到了16KB。而Win 2000的NTFS檔案系統，當分區的大小在2GB以下時,簇的大小都比相應的FAT32簇小;當分區的大小在2GB以上時(2GB～2TB),簇的大小都為4KB。相較之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁碟空間，最大限度地避免了磁碟空間的浪費。
5.在NTFS分割區上,可以為共用資源、資料夾以及檔案設定存取許可權限。
授權的設定包括兩方面的內容：
（1）允許哪些群組或使用者對資料夾、檔案和共用資源進行存取；
（2）取得存取許可的群組或使用者可以進行什麼程度的存取。
存取許可權限的設定不但適用於本機的使用者,同樣也應用於透過網路的共用資料夾對檔案進行存取的網路使用者。與FAT32檔案系統下對資料夾或檔案進行存取相比，安全性要高得多。另外,在採用NTFS格式的Win 2000中,應用審核策略可以對資料夾、文件以及活動目錄對象進行審核，審核結果記錄在安全日誌中，透過安全日誌就可以查看哪些群組或使用者對資料夾、文件或活動目錄對象進行了什麼級別的操作，從而發現系統可能面臨的非法訪問,通過採取相應的措施，將這種安全隱患減到最低。這些在FAT32檔案系統下,是不能實現的。
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