1、出身
Java原本的設計初衷是為了家用消費性電子產品開發一個分散式程式碼系統；PHP就是為了網路的應用而生的。
2、系統的技術架構比較
PHP：分層是將系統進行有效組織的方式，分而治之的想法是電腦領域中非常重要的想法。在好的分層思想引導下，便能實現“高內聚、低耦合”，也能將具體的問題割裂開來，易於控制、易於延展，更易於分配資源。
採用PHP語言開發，可以完美的實現多層架構分佈的分層思想引導下，便能實現“高內聚、低耦合”，也能將具體的問題割裂開來，易於控制、容易延展，更容易分配資源。
JAVA：Gutmans 在前年發表過一篇文章，其中也闡述了多核心環境中多執行緒（JVM）與多進程（LAMP）的比較。其中就提到了多核心系統非常適合LAMP架構的多進程方式。
隨著晶片業現在把主要精力都放在了多核心而不是超線程技術上，JVM這樣的多線程環境的優點在今天的硬體上將無法充分發揮。而多進程方式將提供更多穩定性和可靠性。
3、資料庫存取比較
PHP可編譯成具有與許多資料庫連結的函數。將自己編寫外圍的函數 去間接存取資料庫。透過這樣的途徑當更換使用的資料庫時，可以輕鬆地修改編碼以適 應這樣的變更。同時現在的PHP提供了資料庫統一接口，對Oracle,MySQL,SQL2000等不同資料庫的存取都可以透過橋來完成，而不用考慮資料庫介面方面問題。
Java是透過JDBC來存取資料庫，透過不同的資料庫廠商提供的資料庫驅動程式存取資料庫，而沒有特別的針對性最佳化。如果同樣是將開發的web應用從MYSQL資料數轉到ORACLE數據，PHP透過PDO的接口，幾乎不用做程式方面的修改，而Java開發的需要一定的改變才能實現。
資料庫存取方式的差異，奠定了PHP開發的電子商務軟體和Java開發出來的電子商務軟體是2個時代的差距，Java是傳統的一代，PHP卻是新科技發展的成果，PHP不僅能夠包容萬物而且速度上穩步提升，效率比Java強悍的多。這回合，Java稍遜風騷。
4、安全性對比
開源是安全的最大優勢，LIUNX 就是一個非常成功的佐證。 PHP的開發程式在別人拿到程式碼後，可以輕鬆的進行修改。而Java開發的程式由於無法看到完整的原始碼，只能看到一些編譯好的類別檔案.class，所以底層架構的諸多隱患都無法提前預知，一旦發生災難性的錯誤，後果必將及其嚴重。
而PHP如果想要加密代碼，也可以使用Zend 公司的權威產品zend guard 進行加密，以確保產品的智慧財產權。如果非要將PHP和Java在安全性上做個比較的話，只能說伯仲之間，如果出差距，也是由開發程式設計師的水平來決定的。這 一回合，兩者依舊平分秋色。
5、網路應用程式方向上的前瞻性與拓展性
從整體來說，PHP適用於網路應用，而Java語言設計之初，並不是以WEB為中心，而是以通用服務為中心。 PHP能夠將網路的應用發揮到淋漓盡致，Java在透過標準的或非標準的一些框架在迎合WEB應用的需求。首先，PHP對於大型系統負載方面，可以採用分散式部署。將資料庫、應用邏輯層和表示邏輯層彼此分開，並將同層的根據流量分開。 PHP在這個方面做的非常優異。
Java也可以透過Class和EJB 獲得規模支持，透過EJB/CORBA以及眾多廠商的ApplicationServer獲得結構支持。而與即有老的Java或.NET 應用程式通訊方面，PHP可以透過即有的API介面進行通訊。至於資料的通訊所使用的資料無非也都是XML,JSON等。其實Java已經在企業級E化和關鍵業務應用中根深葉茂，但是在Web應用上，Java語言市場份額急劇下降,頹勢盡顯。
6、開發及後續維護成本比較
既然PHP在網路應用許多方面都強於Java，那麼Java開發出的電子商務產品何以與PHP產品競爭呢?這在於Java陣營普遍走的是政府路線， 而PHP陣營走的是全民路線。 PHP的入門門檻較低，但任何面向成為高手，都是萬裡挑一。絕大多數學過c的程式設計師都很容易轉型為PHP程式設計師，這使得PHP程式設計師如同國球一樣普及，同樣更是高手如雲，高品質的PHP軟體產品也層出不窮。相比較而言，JAVA的成本遠高於PHP。
7、產品化程度
用Java做開發，幾乎沒有一個程式設計師會從底層寫起，因為都是即有封裝的類別。這其實是導致Java很難產品化的一個重要原因。因為幾乎所有的程式設計師 可以做的都是比較淺層的應用程式開發。而就Java的類別而言，放到網路上，那隻有一個沉重可以形容。
隨著大多數業務應用程式包括CRM、ERP、報表、文件管理等等也都轉向了Web，放眼望去，PHP的產品，琳瑯滿目，在互聯網應用方面，可以負責的說，涵蓋率在99%以上。雖然眾多產品的品質也是參差不齊，但是每個方向及領域都是有那麼一些代表產品的。
產品化程度是直接佐證了工業化程度的重要數據。不能工業化的工具，其實其本身是有著非常大的悲哀的。
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