Java和C都是指令式語言（Imperative Language），不同的是Java有物件導向（OO）成分在裡面，而C是完全面向過程的，C的高階版本C 、C#支援面向對象。
另外一個不同是，Java跨平台，既不同的作業系統都可以透過JVM來解釋Java程序，而C、C 、C#則是與平台相關的，有些指令只在某些作業系統中才能執行。 （建議學習：java課程）
#具體原因是，Java是解釋型語言，所有程式碼都會翻譯成統一的、與系統無關的bytecode，然後放到JVM上運行；而C是編譯式語言，程式碼要先透過編譯器轉換成與系統相關的中間程式碼，然後才能運作。
再一個不同是，Java不支援系統調用，既無法與作業系統進行交互，這是由它跨平台的特點決定的，而C則可以調用系統中的指令，如fork() 。這也就是為什麼Java中只有執行緒（Thread）概念而沒有進程（Process）概念，而C兩者都有。
再者，Java無法對記憶體進行控制，而C則可以透過指針對記憶體進行人為分配。
還有一點，Java有Gabbage Collection機制，可以自動回收不再使用的空間，而C則要用free()函數釋放空間。
在速度上，C語言所寫的程式要優於Java，因為Java必須運行在虛擬機的環境中，但因為虛擬機，Java所獲得的平台無關性，而C語言的程式有可能需要重新修改編譯才能實現平台的移植。
另一方面，C語言比Java語言更“底層”，因此可以用C寫例如硬體的驅動，而Java卻不行。 Java和C語言還有個明顯的差異就是C語言注重的是演算法，但是Java卻不一樣，想用的時候導包就可以了。
C語言的演算法很重要，但是Java中的演算法沒有C語言那麼複雜。印刷的方法：C語言是printf("…….");而Java是System.out.print("……."),也可以用println，ln表示換行。
Java程式中的基本資料型別(boolean,char,byte,short,int,long,float,double)，是物件的參考;C語言也有許多種基本型別，還有struct,union ,enum,數組和指針。
在Java沒有列舉、聯合型別。 Java採用Unicode字元集，C語言通常採用的是ASCII字元集，A—65,a—97。 C語言的變數可以不初始化，但Java的變數要初始化。
在C語言中，char型別佔一個字節，在Java中char型別佔2個位元組。
總的來說，Java比較C更容易上手，學得快，但對於了解程式語言來說幫助不如C大。
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