磁碟清理不會誤刪東西；磁碟清理只是清理系統中的無用文件，如係統快取、IE快取、和某些直接從網路下載下來安裝的程式；它是不會誤刪除系統文件的。
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磁碟片段整理可以提高檔案的讀寫速度，可是盲目地進行整理，卻有可能發生一些不必要的危險
整理期間不要進行資料讀寫，進行磁碟碎片整理是個很漫長的工作，不少朋友喜歡在整理的同時聽歌、打遊戲，這是很危險的，因為磁碟碎片整理時硬碟在高速旋轉，這個時候進行資料的讀寫，就有可能導致電腦死機，甚至硬碟損壞。
不宜頻繁整理，磁碟碎片整理不同於別的電腦操作，硬碟會高速連續旋轉，如果頻繁進行磁碟碎片，會導致硬碟壽命下降，建議一個月左右整理一次。
做好準備工作。在整理磁碟碎片之前應該先對磁碟機進行“磁碟錯誤掃描”，這樣可以防止系統將某些檔案誤認作邏輯錯誤而造成檔案遺失。具體操作是（以WindowsXP為例）：在“我的電腦”中選擇要整理的驅動器，單擊滑鼠右鍵，在彈出的選單中選擇“屬性”，進入“工具”選項卡，點擊“查錯”欄中的「開始查錯」按鈕，然後按下提示操作即可。
雙系統下不要交叉整理，由於系統相容性等原因，交叉進行磁碟碎片整理就會造成檔案易位、混亂甚至系統崩潰。
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