我在github上建一個名為vimfiles的repository，將 ~/.vim 內的東西push上去，使用pathogen來管理插件
添加兩個submodule
git submodule add git@github.com:kien/ctrlp.vim.git bundle/ctrlp
git submodule add git@github.com:Shougo/neocomplcache.git bundle/neocomplcache
這樣就添加了兩個插件，然後可以使用git submodule foreach git pull origin master更新插件
但是，submodule在github上隻是一個指向原repository的一個引用，如圖
如果我修改了插件的幾行代碼，vimfiles這個倉庫如何記錄我的修改？
或者說，能否讓vimfiles這個repository記錄的不是插件原repository的指向，而是實實在在的代碼？
分割線想到兩種解決方法，但並不知道是否最佳做法。
其一，fork了別人插件的代碼後，在fork了後的repository上對代碼進行修改
然後git submodule add (新的repository) bundle/xxxx，但是如果隻是改幾行代碼fork一個項目這個做法是否合理。
其二，不使用git submodule的方法，在bundle目錄下git clone插件的代碼，並去掉插件目錄的.git文件夾，即去除插件的版本控製。這樣就可以在vimfiles這個repository中實實在在地保存插件的代碼，而缺點就是插件的更新很麻煩。
是否有更佳的方法，望告知，謝謝。
不建議你修改插件。
你可以去new issue, 把你的需求跟作者說，然後等到他的實現。如果你自己改的話，要嘛自己fork另起爐灶，要嘛直接copy程式碼檔案（個人感覺這是很愚蠢的做法）。
你問題中寫道，只修改了幾行程式碼，所以你可以考慮在你的vimrc透過追加程式碼來覆蓋掉外掛程式作者的那個部分（那幾行）。例如，你修改一個外掛程式中的function,那你直接在你的vimrc中追加了覆蓋掉這個函數不久行了。或者更為分離點，你新建一個repo,只負責記錄你的修改的部分，然後source進你的vimrc即可。