javascript高级程序设计讲到IE中的错误时提到操作中止（operation shorted）这个概念：
在修改尚未加载完成的页面会发生错误。
示例代码为：
<body>
<p></p>
<p>
<script>
document.body.appendChild(document.createElement("p"));
</script>
</p>
</body>
当<script>被包含在某元素中，且JS代码要使用DOM方法修改其父元素或祖先元素，会发生操作中止错误（因为只能修改已经加载完的元素）。
而改为
document.body.insertChild(document.createElement("p"),document.body.firstChild);就能避免错误。
说是新<p>添加到document.body开头而不是末尾，就没有错误。
看了过后就不太理解文档是如何加载的，为什么插在body开头就行，插在后面就不行。
浏览器加载页面时，碰到 js 代码会进行加载和解析，这时候就会中止其他代码的解析和渲染。这就是为什么我们一般把 js 代码放在页面尾部的原因，不组织页面文档结构的加载，而且可以对所有的 DOM 元素进行操作。
上面代码中，在执行那一句 js 代码时，整个页面的 html 结构还没有加载完成，所以浏览器并不知道 body 的末尾位置，而 body 开头位置已经确定了，所以新 p 可以添加到开头而不能添加到结尾。
DOM文档加载的步骤
1 解析HTML结构。
2 加载外部脚本和样式表文件。
3 解析并执行脚本代码。
4 构造HTML DOM模型。//DOMContentLoaded
5 加载图片等外部文件。
6 页面加载完毕。//load
理论上是这样，但实际还要考虑文档内容的位置，由于是从上到下解析，遇到js会阻塞渲染进行js解析和执行。
你所说的问题，我猜测是因为执行时body的前部已经渲染，而尾部未渲染导致的，就是不知道往哪插入尾部。
由于现代浏览器对DOM操作的优化，我在chrome上已经测试不出错误，两种都可以，所以没必要太过在意这个问题了，只要记得顺序渲染，js放底部就行。