之前用
Eclipse的时候就会，后面换了PHPStorm后发现还是一样。以前无所谓，但现在试过三个系统后准备长期奋战linux了，所以希望能解决下。
只有在Linux下才会，Windows和Mac都不会...这个对于强迫症有点蛋疼（虽然ubuntu不时会也出几个小毛病）。
不知道大家是怎么解决的？谢谢大家
======= 补充下 ========
不是我不截图...是输入法到另外一个屏幕去了...不好截。
因为在很多发行版都有这个问题，我就没贴具体的版本
我的是
操作系统: ubuntu 16.04 64位
桌面: unity7(准备换8了)
输入法: fcitx
跟输入法无关,应该跟Java Swing有关.
Netbeans/Jetbrains的产品这些基于Swing界面的程序在Linux上都有这个问题(输入法出现在左下方).
采用了SWT本地化的Eclipse则没有这个问题.
其实习惯了就好,没什么.
像系统自带其他软件以及Firefox/Chrome都没有这些问题.
建议用Fcitx输入法.
搜狗输入法(建议)可以认为是基于国人Fcitx的一个模块.
试过三个系统后准备长期奋战Linux
我感觉这不是个明智的决定
ArchLinux，两个显示器，搜狗输入法，除了在IDE中输入法会跑到左下角，其他的没遇到过问题，也不会遇到输入法跑到另一个屏幕去的情况。
PS：曾经有一段时间输入法在IDE中的定位也不会有问题，去年年底重装一次系统后就怎么也弄不回去了，所以我觉得应该和系统的哪些配置有关系，或者Linux版本有关系。
补充
桌面平铺管理器, 我用的
i3WM，有时间折腾的建议尝试一下，我上手后就再也停不下来了..i3WM，有时间折腾的建议尝试一下，我上手后就再也停不下来了..主要功能大概就是所有的窗口都是平铺布局的，所以就不需要
Alt+Shift主要功能大概就是所有的窗口都是平铺布局的，所以就不需要Alt+Shift来切换窗口，主要通过快捷键来控制布局的切换， 功能很强大，配置很简单。不知道你用的是Gnome还是KDE？输入法是 iBus 还是 fcitx 还是别的？
根据我的经验，fcitx 的比 iBus 好一点，可以换来试试。
其它的建议不好给，Linux的桌面本来就很多坑。。。。。
ubutu 可以安装搜狗输入法，官网可以下载软件包。
不知道你使用的是什么窗口管理器/桌面环境？
部分桌面环境（如 Awesome）下，Java（特别是 Swing；SWT 好像还好）写的 GUI 会出现鼠标点击位置不对、窗口空白等状况。
wmname LG3D之后会好一些。