举例：我的工程叫My，目录树如下
My |-- My | |-- Support | |-- main.m | |-- images | |-- My-Prefix.pch | |-- My-Info.plist | |-- MyAppDelegate.h | |-- MyAppDelegate.m | |-- My.xcodeproj
我希望把项目AFNetworking加成Submodule，他的目录树如下
AFNetworking |-- AFNetworking // 这个是真正需要的目录 |-- AFNetworking.xcworkspace |-- Example |-- .gitignore |-- AFNetworking.podspec |-- CHANGES |-- LICENSE |-- README.md
我要把AFNetworking加成submodule
git submodule add https://github.com/AFNetworking/AFNetworking.git My/Support/AFNetworking
最终My的目录结构
My |-- My | |-- Support | | |-- AFNetworking | | |-- AFNetworking // 这个是真正需要的目录 | | |-- AFNetworking.xcworkspace | | |-- Example | | |-- .gitignore | | |-- AFNetworking.podspec | | |-- CHANGES | | |-- LICENSE | | |-- README.md | | | |-- main.m | |-- images | |-- My-Prefix.pch | |-- My-Info.plist | |-- MyAppDelegate.h | |-- MyAppDelegate.m | |-- My.xcodeproj
我希望得到的目录结构是
My |-- My | |-- Support | | |-- AFNetworking // 这个是真正需要的目录 | | | |-- main.m | |-- images | |-- My-Prefix.pch | |-- My-Info.plist | |-- MyAppDelegate.h | |-- MyAppDelegate.m | |-- My.xcodeproj
我通过在子模块目录执行这个命令，达到了效果
git filter-branch -f --subdirectory-filter AFNetworking/AFNetworking -- --all
然后
git filter-branch -f --index-filter "git rm -r -f --cached --ignore-unmatch AFNetworking/AFNetworking" --prune-empty
然后回到父仓库commit并push
看起来一切完美了，但是我重新在clone的时候
这个Submodule的状态是挂的。。。完全clone不出来，AFNetworking只是个目录，没有文件内容
我用SourceTree打开这个工程，然后看通过submodule的方式打开AFNetworking，reset一下，目录结构就回到运行 filter-branch 命令之前的样子了
也就是说，这个效果只有我一个人在运行了 filter-branch 之后看的到，有没有什么办法，可以让大家都看到呢？
另外，我还不知道这样做了以后，如果submodule有更新，能否正常。
git 的 submodule 方式不会向仓库添加实际的的内容的，只会通过 .gitmodules 文件保留相应的子模块的哈希值。
由于你要真正要用的代码处于一个子目录中，我的方案是你先把这个子目录提取成一个单独的仓库（可以使用 git-subtree.sh 这个脚本），然后再添加这个仓库为 submodule（或者直接使用 git-subtree.sh 把实际的代码集成到你的项目，这样别人克隆就不需要更新 submodule 了）。这样做的缺点就是每当上游有更新，就需要对 submodule 的仓库做相应更新。
另外：git-subtree.sh 已经合并入 git 了，可能并不在 PATH 中，不能直接执行，不过应该在 git 的安装中的。
另一个思路：
建立 bundles 目录，添加原仓库为 submodule 到此，然后对需要的子目录做相对路径软链接，git 能够正确处理软链接。这可能是比较好的一个办法了，不需要额外维护同上游的同步。
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你在子模块目录中进行的
subdirectory-filter已经是 git-subree.sh 的 split 操作了，这个时候该仓库已经和 orgin 完全不同了，等于重新建立了以该 subdirectory 为根的一个仓库，这个仓库中的对象只在你的本地，并不包含在 origin 的仓库中，所以最后才会无效的。把一个仓库的里的子目录作为你的submodule这样的方式是不可以的。git submodule只支持整个仓库。
我发现很多依赖了submodule的xcode project都不会把submodule的project给去掉的。因为他们的是按照静态lib来依赖的，编译时会按照submodule的project先编译成lib.a文件，然后link到你的项目中。如果把submodule的project文件去掉，那么编译时，xcode会把submodule的source当做同一个项目来处理。先把*.m文件编译出来，然后再link。
楼上说得git-subtree.sh可能是个办法。不过我没尝试过。
最后还是建议你尝试cocoapods，嘿嘿。